La selección de métodos diagnósticos adecuados que consideren el tipo de vacuna aplicada es fundamental en la implementación de estrategias de vacunación contra la influenza aviar altamente patógena (IAAP), según una nueva opinión científica publicada por la EFSA. Una vacunación efectiva debería reducir la carga viral en las muestras de diagnóstico, haciendo que las técnicas moleculares de alta sensibilidad sean preferibles. Aunque los métodos serológicos pueden ofrecer una sensibilidad aceptable, a menudo sus resultados pueden ser ambiguos y difíciles de interpretar.
La EFSA también sugiere complementar el monitoreo molecular estándar con el aislamiento viral, la secuenciación genética y la caracterización fenotípica de cualquier cepa de IAAP identificada en rebaños vacunados, para identificar posibles mutantes de escape de manera temprana. Tras la implementación de vacunaciones de emergencia, se han evaluado diversas técnicas de vigilancia, incluyendo pruebas virológicas en aves fallecidas ("muestreo en cubeta") a intervalos regulares, como medios efectivos para la detección precoz de IAAP y para confirmar la ausencia del virus en poblaciones vacunadas.
En el caso de los patos, las pruebas virológicas o serológicas en aves vivas se han considerado como estrategias efectivas. Estos métodos de vigilancia también se pueden aplicar en áreas cercanas a zonas vacunadas en granjas, mientras se mantiene una vigilancia pasiva en gallinas y pavos no vacunados, y muestreo semanal en cubeta en patos no vacunados.
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